N2-Boc-guanine-9-acetic acid ใช้เป็นหลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นรูปแบบที่ได้รับการป้องกันของกวานีนสำหรับการสร้างนิวคลีโอไซด์และนิวคลีโอไทด์ มีคุณค่าสูงในการวิจัยเภสัชกรรมสำหรับการพัฒนายาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง กลุ่ม Boc ให้ความเสถียรภาพระหว่างปฏิกิริยาเคมี ช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนฐานกวานีนได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์นิวคลีอิกแอซิด (PNA) ซึ่งสนับสนุนความก้าวหน้าในการศึกษาพันธุศาสตร์และชีววิทยาโมเลกุล