2,6-Dichloropurine riboside ใช้หลักๆ ในการวิจัยทางชีวเคมี โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์อนุพันธ์นิวคลีโอไซด์ ซึ่งอนุพันธ์เหล่านี้มีความสำคัญในการศึกษากลไกการทำงานของเอนไซม์และการพัฒนายาแก้ไวรัสหรือยารักษามะเร็ง นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมโมเลกุล RNA ที่ถูกดัดแปลง เพื่อช่วยในการสำรวจโครงสร้างและหน้าที่ของ RNA และยังมีบทบาทในการพัฒนาโปรดรัก ซึ่งออกแบบมาเพื่อปรับปรุงการส่งยาและประสิทธิภาพในการรักษา