N4-Acetyl-5'-O-DMT-2'-O-methylcytidine 3'-CE phosphoramidite ถูกใช้ในการสังเคราะห์ oligonucleotides ซึ่งเป็นกระบวนการสำคัญในเทคโนโลยีชีวโมเลกุลและพันธุวิศวกรรม โดยเฉพาะในการสร้างสาย RNA ที่มีการดัดแปลงทางเคมีเพื่อเพิ่มความเสถียรและประสิทธิภาพในการจับกับเป้าหมาย ตัวเคมีนี้มักถูกนำมาใช้ในเครื่องสังเคราะห์อัตโนมัติ (RNA synthesizer) เพื่อสร้าง oligonucleotides ที่มี 2'-O-methylation ซึ่งช่วยป้องกันการย่อยสลายโดยเอนไซม์และเพิ่มประสิทธิภาพในการใช้เป็นสารต้านไวรัส, สารรักษาโรคทางพันธุกรรม, หรือเครื่องมือวิจัยในห้องปฏิบัติการ เช่น การศึกษา gene silencing หรือการพัฒนา antisense oligonucleotides นอกจากนี้ยังมีการประยุกต์ใช้ในด้านการวินิจฉัยโรคและการพัฒนายารักษาโรคที่เกี่ยวข้องกับ RNA