ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์ออลิโกนิวคลีโอไทด์แบบ solid-phase ฟอสฟอรัมไดต์นี้ช่วยให้สามารถนำอิโนไซน์เข้าไปในตำแหน่งเฉพาะในลำดับ DNA หรือ RNA ได้ อิโนไซน์เป็นนิวคลีโอไซด์ที่มีพฤติกรรมการจับคู่เบสแบบไม่จำเพาะ (promiscuous base-pairing) ใช้บ่อยในตำแหน่ง degenerate ของไพรเมอร์และโพรบเพื่อเพิ่มความยืดหยุ่นในการจับคู่ โดยเฉพาะในแอปพลิเคชัน PCR และการไฮบริดิไซเซชัน การดัดแปลง 2'-O-methyl ช่วยเพิ่มความต้านทานต่อนิวคลีเอสและปรับปรุงความสัมพันธ์ในการจับคู่ ทำให้มีคุณค่าใน antisense oligonucleotides, siRNA และโพรบวินิจฉัย กลุ่ม DMT (dimethoxytrityl) ช่วยให้สามารถตรวจสอบและทำให้บริสุทธิ์ได้อย่างมีประสิทธิภาพระหว่างการสังเคราะห์ ในขณะที่ส่วนฟอสฟอรัมไดต์ช่วยให้การคัปปลิ้งมีประสิทธิภาพสูงบนเครื่องสังเคราะห์ DNA สารประกอบนี้มีประโยชน์โดยเฉพาะในการพัฒนาออลิโกนิวคลีโอไทด์สำหรับบำบัดและเครื่องมือวิจัยที่ต้องการความเสถียรที่เพิ่มขึ้นและการไฮบริดิไซเซชันแบบเลือกเพศ