3-Deazaadenosine hydrochloride ถูกนำมาใช้ในการวิจัยทางชีววิทยาและเภสัชวิทยาเพื่อศึกษากลไกการทำงานของเอนไซม์และกระบวนการทางชีวเคมีภายในเซลล์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในด้านการวิจัยเกี่ยวกับการปรับเปลี่ยนทางพันธุกรรมและการควบคุมการแสดงออกของยีน นอกจากนี้ยังมีการศึกษาถึงศักยภาพในการยับยั้งการเจริญเติบโตของเซลล์มะเร็ง และการนำไปใช้ในการพัฒนายาต้านไวรัส โดยเฉพาะไวรัสที่เกี่ยวข้องกับระบบทางเดินหายใจและระบบภูมิคุ้มกัน เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่คล้ายคลึงกับสารตั้งต้นในกระบวนการเมแทบอลิซึมของเซลล์ ทำให้มันมีศักยภาพในการเป็นตัวยับยั้งหรือกระตุ้นกระบวนการเหล่านั้นได้อย่างมีประสิทธิภาพ