5-Iodocytidine ใช้ในการวิจัยทางชีววิทยาโมเลกุลและชีวเคมีในฐานะนิวคลีโอไซด์ที่ถูกดัดแปลงสำหรับการศึกษาโครงสร้างและหน้าที่ของ RNA ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำหรับการสังเคราะห์โมเลกุล RNA ที่ถูกติดฉลาก ช่วยในการติดตามและวิเคราะห์ปฏิกิริยาและพลวัตของ RNA ใช้ในการศึกษาอนาล็อกนิวคลีโอไทด์เพื่อตรวจสอบกลไกของเอนไซม์และการประมวลผล RNA นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนายารักษาที่มุ่งเป้าไปยังโรคที่เกี่ยวข้องกับ RNA เช่น การติดเชื้อไวรัสและมะเร็ง ส่วนของไอโอดีนช่วยให้สามารถตรวจจับและใช้เทคนิคการถ่ายภาพเฉพาะเจาะจงในสถานการณ์ทดลอง