5-Iodouridine ใช้หลักในการวิจัยทางชีวเคมี เป็นนิวคลีโอไซด์ที่ถูกดัดแปลงเพื่อศึกษากโครงสร้างและการทำงานของกรดนิวคลีอิก โดยเฉพาะอย่างยิ่งอาร์เอ็นเอ มันถูกนำเข้าไปในอาร์เอ็นเอเพื่อตรวจสอบปฏิกิริยาและพลวัตภายในโมเลกุลอาร์เอ็นเอ ช่วยในการทำความเข้าใจพฤติกรรมของอาร์เอ็นเอภายใต้สภาวะต่างๆ นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนายาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง เนื่องจากการนำเข้าไปสามารถรบกวนการจำลองแบบของไวรัสและการเพิ่มจำนวนของเซลล์มะเร็ง สารประกอบนี้ยังมีคุณค่าในการศึกษาการติดฉลากด้วยรังสี ซึ่งช่วยติดตามและแสดงภาพอาร์เอ็นเอในกระบวนการของเซลล์