5-TFA-aa-uridine ถูกนำมาใช้ในการวิจัยทางชีวเคมีและอณูชีววิทยา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการสังเคราะห์และปรับเปลี่ยนกรดนิวคลีอิก มันมักถูกใช้เป็นสารตั้งต้นหรือตัวกลางในการสร้างโมเลกุล RNA ที่มีการดัดแปลง ซึ่งช่วยในการศึกษากลไกการทำงานของ RNA และการมีส่วนร่วมในกระบวนการทางชีววิทยาต่างๆ เช่น การแปลรหัสพันธุกรรมและการควบคุมการแสดงออกของยีน นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในการพัฒนายาและสารประกอบที่มีศักยภาพในการรักษาโรคที่เกี่ยวข้องกับ RNA รวมถึงการออกแบบโมเลกุลเพื่อการรักษาแบบเฉพาะเจาะจง