N4-Benzoyl-2'-fluoro-2'-deoxycytidine ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยาและสารชีวโมเลกุล โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตสารต้านไวรัสและสารเคมีบำบัด มันมักถูกนำมาใช้ในการปรับเปลี่ยนโครงสร้างของนิวคลีโอไซด์เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความเฉพาะเจาะจงในการออกฤทธิ์ ยกตัวอย่างเช่น สามารถนำไปใช้ในการพัฒนายาต้านไวรัสที่ออกฤทธิ์ต่อไวรัสบางชนิดได้ดีขึ้น นอกจากนี้ยังมีบทบาทในการวิจัยทางเภสัชวิทยาเพื่อศึกษากลไกการออกฤทธิ์และความเป็นไปได้ในการนำไปใช้รักษาโรคต่าง ๆ