ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านเภสัชกรรม เป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการสร้างโครงสร้างของสารที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านไวรัส หรือยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง โครงสร้างไซโคลเพนตาดีออกซอลที่มีเสถียรภาพช่วยให้สามารถควบคุมความเฉพาะเจาะจงของปฏิกิริยาเคมีได้ดี เหมาะสำหรับการสร้างโมเลกุลที่มีศูนย์ไม่สมมาตร และใช้ในปฏิกิริยาที่ต้องการความแม่นยำสูง เช่น การสังเคราะห์แบบไม่สมมาตร