DAPI dihydrochloride ใช้อย่างกว้างขวางในการย้อมสีนิวเคลียสของเซลล์ในงานวิจัยทางชีววิทยาและชีวการแพทย์ เนื่องจากมีความสามารถในการจับกับ DNA และให้สัญญาณเรืองแสงที่ชัดเจนเมื่อถูกกระตุ้นด้วยแสงอัลตราไวโอเลต มักใช้ในเทคนิคต่างๆ เช่น กล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนต์ การวิเคราะห์เซลล์ด้วยโฟลว์ไซโตเมตรี และการศึกษาความเข้มข้นของ DNA ในเซลล์ นอกจากนี้ ยังใช้ในการตรวจหาโครโมโซมและศึกษาการแบ่งเซลล์ ซึ่งช่วยในการวิเคราะห์ทางจุลชีววิทยาและพันธุศาสตร์ได้อย่างมีประสิทธิภาพ