Hydroxystilbamidine bis(methanesulfonate) ใช้หลักในการวิจัยทางการแพทย์และการบำบัดรักษา เนื่องจากมีคุณสมบัติต้านเชื้อราและต้านโปรโตซัว มีการศึกษาประสิทธิภาพในการรักษาการติดเชื้อจากเชื้อรา เช่น ไมโคติก (blastomycosis) และโปรโตซัว เช่น โรคทริพาโนโซมิเอซิส (trypanosomiasis) หรือไข้หลับแอฟริกา และเลชmania โดยเฉพาะในผู้ป่วยที่มีภูมิคุ้มกันต่ำ นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาเบื้องต้นที่ชี้ให้เห็นว่าสารนี้อาจมีศักยภาพในการรักษาโรคมะเร็งบางชนิด เนื่องจากยับยั้งการแบ่งตัวของเซลล์มะเร็งผ่านการจับกับ DNA อย่างไรก็ตาม ในห้องปฏิบัติการ สารนี้ยังถูกใช้เป็นสีย้อมเรืองแสงสำหรับการย้อมและระบุกรดนิวคลีอิก เช่น DNA และ RNA ในตัวอย่างชีวภาพ ซึ่งช่วยในการวินิจฉัยและวิจัย เช่น การใช้กล้องจุลทรรศน์และการศึกษาชีวโมเลกุล คุณสมบัติการจับเฉพาะกับกรดนิวคลีอิกทำให้เป็นเครื่องมือที่มีค่าในการมองเห็นโครงสร้างเซลล์และเข้าใจสารพันธุกรรม อย่างไรก็ตาม การใช้งานด้านบำบัดยังอยู่ในขั้นตอนการวิจัยเพื่อหาประสิทธิภาพและความปลอดภัยที่เหมาะสม