Hoechst 33258 analog 5 ถูกใช้อย่างแพร่หลายในงานวิจัยทางชีววิทยาเซลล์และพันธุศาสตร์ เนื่องจากมีความสามารถในการจับกับ DNA โดยเฉพาะบริเวณที่อุดมด้วยคู่เบส A-T (Adenine-Thymine) ทำให้เป็นเครื่องมือสำคัญในการย้อมสีนิวเคลียสของเซลล์สำหรับการตรวจสอบด้วยกล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนต์ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการศึกษาการแบ่งเซลล์ การวิเคราะห์วัฏจักรเซลล์ และการตรวจหาความผิดปกติของโครโมโซม อีกทั้งยังมีบทบาทในการวิจัยทางเภสัชวิทยาเพื่อศึกษาปฏิสัมพันธ์ระหว่างยาและ DNA ซึ่งช่วยในการพัฒนายาใหม่ๆ ที่มีประสิทธิภาพมากขึ้น