5-Bromouridine ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยทางชีววิทยาโมเลกุลและชีวเคมีเป็นเครื่องมือสำหรับศึกษาการเผาผลาญและโครงสร้างของ RNA โดยถูกนำเข้าไปในโมเลกุล RNA เพื่อทำหน้าที่เป็นตัวติดตาม ทำให้ผู้วิจัยสามารถติดตามการสังเคราะห์ การแปรรูป และการย่อยสลายของ RNA สารประกอบนี้มีประโยชน์อย่างยิ่งในเทคนิคเช่นการทดลอง pulse-chase ซึ่งช่วยให้เห็นภาพพลวัตของการหมุนเวียน RNA ในเซลล์ นอกจากนี้ 5-Bromouridine ยังถูกใช้ในการศึกษาคริสตัลโลกราฟีด้วยรังสีเอ็กซ์และการศึกษาด้วยคลื่นแม่เหล็กนิวเคลียร์ (NMR) เพื่อวิเคราะห์การกำหนดท่าทางและปฏิกิริยาของ RNA เนื่องจากอะตอมโบรมีนให้ตัวบ่งชี้อะตอมหนักสำหรับการกำหนดโครงสร้าง นอกจากนี้ยังทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำหรับศึกษากิจกรรมของเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับเส้นทางการปรับเปลี่ยนและการย่อยสลาย RNA