DNAase ถูกใช้ในหลายสาขาทั้งทางการแพทย์และการวิจัย ในทางการแพทย์ DNAase มักใช้ในการรักษาโรคระบบทางเดินหายใจ เช่น โรคซิสติกไฟโบรซิส โดยช่วยสลาย DNA ที่สะสมในเสมหะ ทำให้ผู้ป่วยสามารถขับเสมหะออกได้ง่ายขึ้น ช่วยลดการติดเชื้อและอาการหายใจลำบาก

ในการวิจัยทางวิทยาศาสตร์ DNAase เป็นเครื่องมือสำคัญในการเตรียมตัวอย่างโดยการย่อยสลาย DNA ที่ไม่ต้องการออกจากตัวอย่าง ทำให้ได้ RNA หรือโปรตีนบริสุทธิ์สำหรับการศึกษาต่อไป นอกจากนี้ยังใช้ในกระบวนการทางชีวเทคโนโลยี เช่น การผลิตวัคซีนและยีนบำบัด เพื่อกำจัด DNA ที่ปนเปื้อนในกระบวนการผลิต