เอนโดนิวคลีเอส BgIII เป็นเอนไซม์ที่ใช้ในการตัด DNA ที่ลำดับเฉพาะเจาะจง 'AGATCT' ทำให้ได้ปลายเหนียว (sticky ends) มักใช้ในงานทางด้านชีววิทยาโมเลกุลและพันธุวิศวกรรม โดยเฉพาะในการโคลนยีนและการวิเคราะห์โครงสร้าง DNA เอนไซม์นี้ช่วยในการเชื่อมต่อ DNA เข้ากับโมเลกุลอื่นได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ยังใช้ในการสร้างแผนที่ยีน (gene mapping) การจัดลำดับดีเอ็นเอ (sequencing) และการวิเคราะห์การกลายพันธุ์ (mutation analysis) ในห้องปฏิบัติการวิจัย