ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาเภสัชภัณฑ์ มีบทบาทในการเตรียมโมเลกุลชีวภาพที่ใช้งานได้เนื่องจากมีหมู่ฟังก์ชันที่ทำปฏิกิริยา เช่น หมู่ไนโตรและคีโตน ซึ่งช่วยให้เกิดการแปลงทางเคมีเพิ่มเติม นิยมใช้ในงานวิจัยเพื่อสังเคราะห์ตัวยับยั้งคินาสที่เป็นไปได้และสารชีวภาพที่ใช้งานอื่นๆ แหวนมอร์โฟลีนช่วยเพิ่มความละลายและคุณสมบัติการจับคู่ ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษาโรคสำหรับการค้นพบและปรับปรุงยา