Fluoro(phenylthio)acetonitrile ใช้หลักๆ เป็นสารตั้งต้นที่หลากหลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ซึ่งมีทั้งกลุ่มฟลูออโรและฟีนิลไทโอช่วยให้สามารถเข้าร่วมในปฏิกิริยาเคมีต่างๆ เช่น การแทนที่นิวคลีโอฟิลิกและการสร้างวงแหวน ทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน ในเคมียารักษาโรค สารนี้ถูกใช้ในการพัฒนาสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพที่เป็นไปได้ รวมถึงสารต้านจุลินทรีย์และสารต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ความตอบสนองของมันยังถูกใช้ประโยชน์ในการสังเคราะห์สารประกอบเฮเทอโรไซคลิก ซึ่งจำเป็นในกระบวนการค้นพบและพัฒนายา ความสามารถของสารนี้ในการนำอะตอมฟลูออรีนเข้าไปในโมเลกุลอินทรีย์นั้นมีข้อดีเป็นพิเศษ เนื่องจากสารประกอบฟลูออรีนมักแสดงความเสถียรที่เพิ่มขึ้น การดูดซึมทางชีวภาพ และความต้านทานต่อการเผาผลาญ