5-Fluoro-2-iodobenzonitrile เป็นสารเคมีที่ใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเคมีอินทรีย์ เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งฟลูออรีนและไอโอดีน ทำให้เป็นสารตั้งต้นที่มีศักยภาพในการสังเคราะห์สารประกอบอื่นๆ ที่มีความซับซ้อน มักถูกนำมาใช้ในการสร้างโมเลกุลเป้าหมายสำหรับการพัฒนายา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการสร้างสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านมะเร็งหรือยาต้านไวรัส นอกจากนี้ ยังมีการใช้ในปฏิกิริยาคัพปลิง (coupling reactions) เช่น ปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura หรือปฏิกิริยา Sonogashira ซึ่งเป็นขั้นตอนสำคัญในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนในโมเลกุลอินทรีย์