ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยาฟลูออรีน (fluorinated pharmaceuticals) โดยเฉพาะในการพัฒนาสารเคมีเกษตร (agrochemicals) และส่วนประกอบยาสำคัญ (active pharmaceutical ingredients: APIs) ซึ่งการแทนที่ด้วยฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพ (bioavailability) กลุ่มไนไตรล์ (nitrile) และเอเทอร์ฟลูออรีน (fluorinated ether) ทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่ต้องการคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์และ steric เฉพาะเจาะจง ใช้อย่างแพร่หลายในเคมียารักษาโรค (medicinal chemistry) สำหรับการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม (structure-activity relationship: SAR) โดยเฉพาะในการปรับปรุงยาที่มีศักยภาพในการกำหนดเป้าหมายเอนไซม์และตัวรับที่ไวต่อผลกระทบของฟลูออรีน นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมสารกำจัดวัชพืช (herbicides) และยากำจัดเชื้อรา (fungicides) ใหม่ เนื่องจากกลุ่มไดฟลูออโรมethoxy ช่วยเพิ่ม lipophilicity และการทะลุผ่านเยื่อหุ้มเซลล์