เอทิล 1-อะมิโนไซโคลเฮกซานคาร์บอกซิเลต ไฮโดรคลอไรด์ ใช้หลักในการสังเคราะห์สารอินทรีย์เป็นบล็อกก่อสร้างสำหรับการเตรียมสารประกอบเคมีที่ซับซ้อนมากขึ้น ทำหน้าที่เป็นสารกลางในการพัฒนายา โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีศักยภาพในการรักษา โครงสร้างที่มีทั้งกลุ่มอะมิโนและกลุ่มเอสเตอร์ทำให้มีความยืดหยุ่นสำหรับปฏิกิริยา เช่น อะไมเดชัน เอสเทอร์ฟิเคชัน และไซคลิเซชัน สารเคมีนี้มักใช้ในงานวิจัยเพื่อสำรวจผู้สมัครยาใหม่ โดยเฉพาะในสาขาประสาทวิทยาและการจัดการความเจ็บปวด ซึ่งโครงสร้างพื้นฐานไซโคลเฮกซานมีความน่าสนใจ นอกจากนี้ยังสามารถใช้ในการศึกษาสเตอรีโอเคมีและการสังเคราะห์คีรัลเนื่องจากระบบแหวนไซโคลเฮกซาน