2-(Piperazin-1-yl)pyrazine ถูกนำมาใช้ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเป็นส่วนประกอบสำคัญในการสังเคราะห์ยาต่างๆ โดยเฉพาะยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง มักถูกใช้เป็นสารตั้งต้นหรือ intermediate ในการผลิตสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่มีฤทธิ์ต้านอาการซึมเศร้า วิตกกังวล หรือโรคทางจิตเวชอื่นๆ นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาการนำไปใช้ในการพัฒนายาต้านเชื้อจุลชีพและสารต้านมะเร็ง เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่สามารถปรับเปลี่ยนได้ง่ายเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะเจาะจงต่อเป้าหมายทางชีวภาพ