(S)-4-benzyl-3-MethylMorpholine ถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความสำคัญทางเภสัชวิทยา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการผลิตยาที่มีฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง สารนี้มักใช้เป็นสารตั้งต้นหรือตัวกลางในการสร้างโมเลกุลที่มีโครงสร้างซับซ้อนซึ่งมีศักยภาพในการรักษาโรคทางจิตเวช เช่น ภาวะซึมเศร้าและโรควิตกกังวล นอกจากนี้ยังมีการศึกษาถึงบทบาทของสารนี้ในการพัฒนายาต้านมะเร็งเนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่สามารถปรับเปลี่ยนเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการยับยั้งการเจริญเติบโตของเซลล์มะเร็ง