(S)-1-Boc-3-(aminocarbonyl)piperidine ใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ มักใช้เป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น โดยเฉพาะในกลุ่มสารประกอบที่มีโครงสร้างไพเพอริดีน ซึ่งพบได้ในยาหลายชนิด เช่น ยาต้านไวรัส ยาต้านการอักเสบ และยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาท นอกจากนี้ ยังมีบทบาทในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ ๆ เนื่องจากโครงสร้างที่สามารถปรับเปลี่ยนได้ง่าย และความเสถียรที่เหมาะสมสำหรับกระบวนการสังเคราะห์ทางเคมี