(S)-3-(4-Methoxyphenyl)morpholine ถูกนำมาใช้หลักในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลชีวภาพต่าง ๆ โครงสร้างของมันซึ่งมีวงแหวน morpholine และกลุ่ม methoxyphenyl ทำให้มีคุณค่าในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังระบบประสาทส่วนกลาง โดยเฉพาะสำหรับภาวะเช่น ภาวะซึมเศร้าและความวิตกกังวล นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างสารประกอบที่มีศักยภาพต้านมะเร็ง เนื่องจากความสามารถในการโต้ตอบกับเป้าหมายทางชีวภาพเฉพาะ นักวิจัยยังสำรวจการใช้ในการออกแบบตัวยับยั้งเอนไซม์ ซึ่งสามารถนำไปใช้ในการรักษาความผิดปกติทางเมแทบอลิซึม ความหลากหลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ยังขยายไปถึงการผลิตสารเคมีเกษตร ซึ่งช่วยในการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่