(S)-tert-Butyl 2-amino-3-methoxypropanoate hydrochloride เป็นสารประกอบที่ใช้หลักในการสังเคราะห์สารกลางทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการผลิตโมเลกุลคิรัล โครงสร้างที่มีทั้งกลุ่มอะมิโนและกลุ่มเมทอกซี่ ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าในการสร้างสารอินทรีย์ซับซ้อน มักใช้ในการพัฒนายาที่เล็งเป้าไปยังความผิดปกติทางระบบประสาท เนื่องจากศูนย์คิรัลช่วยในการสร้างสารที่บริสุทธิ์ทางเอ็นแอนติโอเมอร์ ซึ่งสำคัญสำหรับยาที่มีประสิทธิภาพและปลอดภัย นอกจากนี้ ยังใช้ในเคมีเปปไทด์เพื่อปรับเปลี่ยนโซ่เปปไทด์เพื่อเพิ่มความเสถียรหรือกิจกรรมทางชีวภาพ รูปแบบไฮโดรคลอไรด์ช่วยเพิ่มความละลาย ทำให้ง่ายต่อการใช้ในปฏิกิริยาเคมีต่างๆ