(S)-Methyl 2-(benzylamino)propanoate hydrochloride ใช้หลัก ๆ ในงานวิจัยเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบชิรัล โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปที่โรคทางระบบประสาท ลักษณะชิรัลของมันช่วยให้สามารถสร้างสารบริสุทธิ์แบบเอนานติโอเมอร์ ซึ่งมีความสำคัญในการเพิ่มประสิทธิภาพของยาและลดผลข้างเคียง นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อผลิตอนุพันธ์กรดอะมิโน ซึ่งจำเป็นในการศึกษาเปปไทด์และโปรตีน ความเสถียรและปฏิกิริยาของสารประกอบนี้ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในเคมียารักษาโรคสำหรับการออกแบบและปรับปรุงตัวแทนบำบัด