(S)-1-Isopropyl-3-methyl-piperazine dihydrochloride ใช้หลักๆ ในงานวิจัยเภสัชกรรม สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์ส่วนผสมยาสำคัญ (APIs) ต่างๆ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปที่ระบบประสาทส่วนกลาง โดยคุณสมบัติทางโครงสร้างของมันช่วยในการปรับเปลี่ยนระบบสารสื่อประสาท นอกจากนี้ยังถูกนำมาใช้ในการสร้างสารประกอบที่มีศักยภาพในการต้านการอักเสบและยาแก้ปวด คุณสมบัติแบบ chiral ของมันช่วยให้สามารถผลิตสารที่บริสุทธิ์แบบ enantiomer ซึ่งเพิ่มประสิทธิภาพและลดผลข้างเคียงของยาที่ได้