(S)-(1-Methylpiperidin-3-yl)methanol ถูกนำไปใช้เป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทส่วนกลาง เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่มีส่วนของ piperidine ซึ่งพบได้ในสารออกฤทธิ์หลายชนิด เช่น ยากล่อมประสาทหรือยารักษาโรคทางจิตเวช นอกจากนี้ยังอาจถูกใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ๆ ที่มีเป้าหมายในการปรับปรุงประสิทธิภาพและลดผลข้างเคียงของยา นอกจากนี้ยังอาจมีบทบาทในการสังเคราะห์สารเคมีอื่นๆ ที่ใช้ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมหรือเคมีชีวภาพอีกด้วย