(R)-3-Benzyl-1-methyl-piperazine มีการนำไปใช้หลักในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมในฐานะสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบชีวภาพต่าง ๆ โดยเฉพาะมีคุณค่าต่อการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังระบบประสาทส่วนกลาง ซึ่งโครงสร้างของมันช่วยในการปรับเปลี่ยนกิจกรรมของสารสื่อประสาท สารประกอบนี้ยังถูกใช้ในการวิจัยและผลิตยารักษาโรคจิตและยาต้านซึมเศร้า เนื่องจากความสามารถในการโต้ตอบกับตัวรับเฉพาะในสมอง นอกจากนี้ยังทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้นที่มีผลทางรักษาที่เป็นไปได้ ธรรมชาติแบบ chiral ของมันทำให้มีประโยชน์โดยเฉพาะในการออกแบบยาที่บริสุทธิ์แบบ enantiomer ซึ่งช่วยเพิ่มความจำเพาะและลดผลข้างเคียง