(R)-3-Cyclohexylmorpholine ถูกนำมาใช้เป็นหลักในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมในฐานะบล็อกก่อสร้างคีรอลสำหรับการสังเคราะห์สารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพต่างๆ โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครของมันทำให้มีคุณค่าในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปที่ความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง รวมถึงยาต้านซึมเศร้าและยาแก้โรคจิต นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตลิแกนด์และตัวเร่งปฏิกิริยาที่ใช้ในการสังเคราะห์แบบอะซิมเมตริก ซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความเลือกของปฏิกิริยาเคมี การประยุกต์ใช้ของมันยังขยายไปถึงการวิจัยเคมีเกษตร ที่ซึ่งมันมีส่วนช่วยในการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ๆ ที่มีประสิทธิภาพดีขึ้นและผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมลดลง