(6-methoxynaphthalen-2-yl)methanamine ใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตยาที่มุ่งเป้าไปที่ความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง โครงสร้างของมันมีคุณค่าในการพัฒนาตัวปรับตัวรับเซโรโทนิน ซึ่งมีความสำคัญสำหรับการรักษาสภาพเช่น ภาวะซึมเศร้าและความวิตกกังวล นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการวิจัยเคมีอินทรีย์สำหรับการสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีคุณสมบัติบำบัดที่เป็นไปได้ กลุ่มฟังก์ชันเมทอกซีและอะมีนทำให้มันหลากหลายสำหรับการดัดแปลงทางเคมีเพิ่มเติม