ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาต้านอาการซึมเศร้า ยาแก้ปวด และยาปรับสมดุลทางจิตใจ เนื่องจากโครงสร้างที่มีศูนย์ไม่สมมาตร (chiral center) ทำให้มีความเฉพาะตัวต่อตัวรับในร่างกาย ส่งผลให้สารอนุพันธ์ของ (S)-3-phenylpiperidine มีฤทธิ์ทางชีวภาพที่ต้องการในขนาดต่ำและมีผลข้างเคียงน้อยกว่าสารที่ไม่มีความจำเพาะทางสเตอริโอเคมี นิยมใช้ในงานวิจัยและพัฒนายาใหม่ที่ต้องการความแม่นยำสูงในการออกฤทธิ์