ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารชีวโมเลกุล โดยเฉพาะเปปไทด์และโปรตีนที่มีโครงสร้างเฉพาะตัว เนื่องจากมีหมู่ฟังก์ชันที่สามารถควบคุมการสร้างพันธะได้อย่างแม่นยำ จึงนิยมใช้เป็นตัวตั้งต้นในการสร้างสารตัวกลางในสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านยาที่ต้องการความบริสุทธิ์และโครงสร้างแบบสเตรโอเฉพาะตัว หมู่ tert-butoxycarbonyl (Boc) ทำหน้าที่ป้องกันหมู่อะมิโนระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ ช่วยป้องกันการเกิดปฏิกิริยาที่ไม่ต้องการ และสามารถถอดหมู่ป้องกันออกได้ง่ายภายหลัง ทำให้เหมาะสมกับการสร้างโครงสร้างที่ซับซ้อนในห้องปฏิบัติการและอุตสาหกรรมยา