ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านการอักเสบและยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถดัดแปลงเป็นสารยาที่มีฤทธิ์ โดยเฉพาะยาที่ขัดต่อโรคทางระบบประสาท หมู่ไตรฟลูออร์เมทอกซีช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและลิโพฟิลิก ทำให้มีคุณค่าในการปรับปรุงยาให้มีชีวเภสัชจลนศาสตร์ที่ดีขึ้นและการทะลุผ่านเยื่อหุ้มสมอง นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยเคมีเกษตรเพื่อออกแบบโมเลกุลชีวภาพที่มีความเสถียรต่อสิ่งแวดล้อมที่ดีขึ้น