ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) สำหรับยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทส่วนกลาง (CNS) โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนในการออกแบบยา ส่งเสริมการดูดซึมทางชีวภาพ (bioavailability) และความเลือกสรรของตัวรับ (receptor selectivity) ใช้กันทั่วไปในการผลิตยาแก้ปวดและยารักษาโรคทางจิตเวช เนื่องจากโครงสร้างพิเพอริดีนซึ่งพบได้บ่อยในสารประกอบที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาท นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมเกษตรเคมีสำหรับพัฒนายาฆ่าแมลงบางชนิด โดยฮีเทอโรไซเคิลที่มีไนโตรเจนช่วยเพิ่มประสิทธิภาพ หมู่เมทอกซีเมทิลช่วยเพิ่มความสามารถในการละลายและความเสถียรในเส้นทางการสังเคราะห์ต่างๆ