ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตยาที่มีโครงสร้างเป็นอนุพันธ์ของเบนซีนหรือไบฟีนิล นิยมใช้ในขั้นตอนการสร้างสารกลาง (intermediate) สำหรับยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาต้านซึมเศร้าหรือยาปรับสมดุลทางจิตใจ นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ที่ต้องการความจำเพาะสูงต่อตัวรับในร่างกาย เนื่องจากหมู่ฟลูออรีนช่วยเพิ่มความสามารถในการผ่านเยื่อหุ้มเซลล์และปรับปรุงเสถียรภาพของโมเลกุล