ใช้เป็นตัวกลางหลักในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) ที่มีฟลูออรีน ซึ่งการแทนที่ด้วยไดฟลูออโรช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพ (bioavailability) ใช้กันทั่วไปในการผลิตตัวยับยั้งคินาสที่เลือกสรรและยาสำหรับระบบประสาทส่วนกลาง เนื่องจากช่วยปรับปรุงการทะลุผ่านกำแพงเลือด-สมอง (blood-brain barrier) นอกจากนี้ยังใช้ในผลิตภัณฑ์เคมีเกษตรสำหรับการสร้างสารกำจัดวัชพืช (herbicides) และสารกำจัดเชื้อรา (fungicides) โดยอะตอมฟลูออรีนช่วยเพิ่มไลโพฟิลิก (lipophilicity) และความจำเพาะต่อเป้าหมาย กลุ่มเอ็น-เมทิลและไดฟลูออโรทำให้มีคุณค่าต่อเคมียารักษาในการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม (SAR) และการปรับปรุงสารนำ (lead compounds)