ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพที่มุ่งเป้าไปยังโรคระบบประสาทส่วนกลาง โครงสร้างของมันช่วยในการออกแบบโมเลกุลที่มีความเสถียรทางเมแทบอลิซึมที่ดีขึ้นและความสัมพันธ์ในการจับที่สูงขึ้น ใช้อย่างแพร่หลายในเคมียารักษาเพื่อสร้างยาตัวใหม่ โดยเฉพาะในการค้นพบตัวยับยั้งคินาสและตัวปรับตัวรับ การมีอะตอมฟลูออรีนช่วยเพิ่มการซึมผ่านเยื่อหุ้มเซลล์และการดูดซึมทางชีวภาพ ทำให้มีคุณค่าในการปรับปรุงคุณสมบัติคล้ายยา นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตรเพื่อพัฒนาส่วนผสมออกฤทธิ์ใหม่ที่มีประสิทธิภาพสูงขึ้น