ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นหรือตัวกลางในการสร้างสารที่มีโครงสร้างเบนโซอิมิเดโซลหรือเบนโซไทอะซีน ซึ่งมักพบในยาที่มีฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง โดยเฉพาะยาต้านอาการวิตกกังวลและยานอนหลับ นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนายาที่มีฤทธิ์ต้านจุลชีพและสารต้านอนุมูลอิสระ เนื่องจากหมู่ไตรฟลูโอมีทิลช่วยเพิ่มความสามารถในการซึมผ่านของเยื่อหุ้มเซลล์และเพิ่มความคงตัวของโมเลกุล