ฟลูเอนซัลโฟนใช้เป็นสารกำจัดไส้เดือนฝอยในดิน โดยเฉพาะไส้เดือนฝอยรากปม ซึ่งเป็นศัตรูพืชที่สำคัญในพืชหลายชนิด เช่น พืชผัก ไม้ผล และพืชไร่ สารนี้ทำงานโดยการยับยั้งการทำงานของระบบประสาทของไส้เดือนฝอย ทำให้พวกมันไม่สามารถเคลื่อนที่หรือหาอาหารได้ จนในที่สุดก็ตายลง ฟลูเอนซัลโฟนมักใช้ในการเตรียมดินก่อนปลูกพืช หรือใช้ในช่วงเริ่มต้นของการเพาะปลูกเพื่อป้องกันการแพร่ระบาดของไส้เดือนฝอย นอกจากนี้ ยังช่วยลดความเสียหายของรากพืช ทำให้พืชเจริญเติบโตได้ดีขึ้นและให้ผลผลิตสูง สารนี้มีประสิทธิภาพสูงและปลอดภัยต่อสิ่งแวดล้อมเมื่อใช้ในปริมาณที่เหมาะสม