2,6-Naphthyridine ถูกนำมาใช้ในหลายด้านของวิทยาศาสตร์และอุตสาหกรรม โดยเฉพาะในด้านเคมีอินทรีย์และการวิจัยทางเภสัชวิทยา หนึ่งในการใช้งานหลักคือการเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่มีความซับซ้อน ซึ่งอาจนำไปสู่การพัฒนายาชนิดใหม่ๆ นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาเพื่อนำไปใช้ในด้านวัสดุศาสตร์ เช่น การพัฒนาวัสดุที่มีคุณสมบัติพิเศษทางอิเล็กทรอนิกส์หรือแสง เนื่องจากโครงสร้างของมันสามารถปรับเปลี่ยนได้ง่ายเพื่อให้ได้คุณสมบัติที่ต้องการ