4-Chloro-2-methyl-1,8-naphthyridine ถูกนำไปใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความสำคัญทางเภสัชวิทยาและอุตสาหกรรม โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการพัฒนายาต้านจุลชีพและยาต้านไวรัส เนื่องจากโครงสร้างของมันมีความสามารถในการยับยั้งการทำงานของเอนไซม์หรือโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับการเจริญเติบโตของเชื้อโรค นอกจากนี้ยังมีการศึกษาเพื่อนำไปใช้ในการผลิตสารประกอบที่มีฤทธิ์ต้านมะเร็ง โดยอาศัยกลไกการยับยั้งการแบ่งตัวของเซลล์มะเร็ง ในด้านอุตสาหกรรม เคมีชนิดนี้อาจถูกใช้เป็นสารตั้งต้นในการผลิตสารเคมีอื่น ๆ ที่มีความซับซ้อนมากขึ้น ซึ่งมีประโยชน์ในกระบวนการผลิตวัสดุหรือสารเคมีเฉพาะทาง