2-Chloro-5-methyl-1,6-naphthyridine ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการสังเคราะห์ยาต้านมะเร็งและยาต้านไวรัส เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่มีความเฉพาะเจาะจง ทำให้มันสามารถเป็นสารตั้งต้นที่สำคัญในการพัฒนายาใหม่ๆ ที่มีประสิทธิภาพสูง นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาวิจัยเพื่อนำไปใช้ในด้านการเกษตร เพื่อพัฒนาสารเคมีกำจัดศัตรูพืชที่มีประสิทธิภาพและปลอดภัยมากขึ้น