2-Amino-[1,8]naphthyridine-3-carbonitrile ใช้หลัก ๆ ในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญในการพัฒนายา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการสร้างยาที่มุ่งเป้าไปที่โรคทางระบบประสาทและมะเร็ง โครงสร้างของมันมีประโยชน์ในการออกแบบโมเลกุลที่โต้ตอบกับเส้นทางชีวภาพเฉพาะเจาะจง ซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพของยา นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์สีย้อมเรืองแสงและเซ็นเซอร์ ซึ่งนำไปประยุกต์ใช้ในงานทดสอบทางชีวเคมีเพื่อตรวจจับและวัดปริมาณโมเลกุลชีวภาพ ความเสถียรและคุณสมบัติการเกิดปฏิกิริยาของสารประกอบนี้ทำให้มีคุณค่าต่อการวิจัยที่มุ่งเน้นตัวแทนบำบัดใหม่และเครื่องมือวินิจฉัย