2-Methoxy-1,4-naphthoquinone ใช้หลักในงานวิจัยและการประยุกต์ใช้ทางอุตสาหกรรม เนื่องจากคุณสมบัติทางชีวภาพและเคมีของมัน มันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ต่างๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งสารที่มีศักยภาพทางเภสัชกรรม โครงสร้าง quinone ของมันทำให้มีประโยชน์ในการศึกษากระบวนการ redox และการถ่ายโอนอิเล็กตรอน นอกจากนี้ ยังมีการสำรวจคุณสมบัติต้านจุลินทรีย์และต้านเชื้อรา ทำให้เป็นสารที่เหมาะสมสำหรับการพัฒนายาตัวใหม่ ในด้านการเกษตร มีการศึกษาศักยภาพของมันในฐานะสารกำจัดศัตรูพืชตามธรรมชาติหรือสารควบคุมการเจริญเติบโต ความสามารถในการโต้ตอบกับระบบชีวภาพยังทำให้มีคุณค่าในงานวิจัยทางชีวเคมี โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการทำความเข้าใจความเครียดจากออกซิเดชันและกลไกของเซลล์