6-Fluoro-2-naphthoic Acid Methyl Ester ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางสำหรับการผลิตสารประกอบเคมีที่ซับซ้อนมากขึ้น โครงสร้างของมันซึ่งมีอะตอมฟลูออรีนและกลุ่มเอสเตอร์นาฟโธอิก ทำให้มีคุณค่าในการพัฒนายา โดยเฉพาะในการสร้างส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ที่ต้องการระบบอะโรมาติกฟลูออรีน เช่น ยาต้านมะเร็งและยาต้านจุลชีพ นอกจากนี้ยังใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการสังเคราะห์วัสดุขั้นสูง เช่น ผลึกเหลวและโพลิเมอร์ ซึ่งอะตอมฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางความร้อนและความต้านทานทางเคมี สารประกอบนี้อาจใช้เป็นบล็อกก่อสร้างในการสังเคราะห์สีย้อมและเม็ดสี โดยใช้กรอบอะโรมาติกเพื่อการพัฒนาสีและความเสถียร การประยุกต์ใช้ขยายไปยังการวิจัยและพัฒนา ซึ่งใช้ในการศึกษาที่เกี่ยวข้องกับโมเลกุลอินทรีย์ฟลูออรีนและปฏิกิริยาของมัน