ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถปรับแต่งฟังก์ชันในปฏิกิริยาอินทรีย์ โดยเฉพาะกระบวนการครอส-คัปเปลิง (cross-coupling) ใช้กันทั่วไปในการพัฒนาโมเลกุลชีวภาพเนื่องจากแกนนาฟทาลีนมีความเสถียรและคุณสมบัติอะโรมาติก นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการสร้างเซมิคอนดักเตอร์ออร์แกนิกและสียูออเรสเซนต์ ซึ่งกลุ่มเมทิลไทโอช่วยเสริมคุณสมบัติการบริจาคอิเล็กตรอน