เบนแอคติซีน ไฮโดรคลอไรด์ ใช้หลักในการแพทย์เป็นยาในกลุ่มแอนติโคลิเนอร์จิก โดยยับยั้งการทำงานของอะเซทิลโคลีน ซึ่งเป็นสารสื่อประสาทในระบบประสาท คุณสมบัตินี้ทำให้มีประสิทธิภาพในการรักษาโรคทางเดินอาหารบางชนิด เช่น กลุ่มอาการลำไส้ระคายเคือง (irritable bowel syndrome) โดยลดการเกร็งและการเคลื่อนไหวของทางเดินอาหาร นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาการใช้ในการจัดการอาการวิตกกังวลและซึมเศร้า แม้ว่าการนำไปใช้ในจิตเวชจะไม่ค่อยพบในปัจจุบัน ความสามารถในการปรับระบบประสาทส่วนกลางยังช่วยในการวิจัยเพื่อศึกษากลไก cholinergic และบทบาทในกระบวนการทางสรีรวิทยาและพยาธิสรีรวิทยาต่างๆ