สโคโพลามีนเมทิลไนเตรตถูกใช้ในทางการแพทย์เนื่องจากคุณสมบัติต้านโคลิเนอร์จิก โดยมักใช้เพื่อควบคุมการหลั่งของเหลวส่วนเกินในทางเดินหายใจและน้ำลายระหว่างการผ่าตัดหรือในผู้ป่วยที่มีภาวะทางการแพทย์บางอย่าง นอกจากนี้ยังใช้จัดการอาการคลื่นไส้และอาเจียน โดยเฉพาะจากเมารถหรือหลังการผ่าตัด สารนี้ยังมีประสิทธิภาพในการรักษาโรคทางเดินอาหารบางชนิดโดยลดการเกร็งและการเคลื่อนไหวของระบบย่อยอาหาร ในด้านจักษุวิทยา อาจใช้ช่วยขยายม่านตาระหว่างการตรวจตา ความสามารถในการบล็อกตัวรับอะเซทิลโคลีนทำให้มีคุณค่าในการจัดการอาการที่เกี่ยวข้องกับโรคพาร์กินสันและภาวะทางระบบประสาทอื่นๆ การใช้ควรอยู่ภายใต้การดูแลของแพทย์อย่างใกล้ชิดเนื่องจากอาจมีผลข้างเคียงเช่น มองภาพไม่ชัด ง่วงซึม หรือปากแห้ง